Články seznamzpravy.cz a ct24.ceskatelevize.cz o odchodu Martina Šebestyána z funkce ředitele Státního zemědělského intervenčního fondu (SZIF) tvrdí, že „Šebestyán čelil kritice, že při vyplácení zemědělských dotací stranil holdingu Agrofert, který bývalý premiér Andrej Babiš (ANO) vložil do svěřenských fondů.“, resp „Končící ředitel čelil kritice, že při vyplácení zemědělských dotací a sporu kolem střetu zájmů vystupoval SZIF ve prospěch bývalého premiéra Andreje Babiše a jím nepřímo ovládaného zemědělského holdingu Agrofert.“
Vedení koncernu AGROFERT uvádí: Není pravda, že Martin Šebestyán stranil Agrofertu. Za jeho působení byla pozastavena administrace veškerých investičních dotací společnostem skupiny Agrofert. To vyústilo v řadu soudních sporů, které stále trvají. Přesto jsme ho respektovali a vnímali jako profesionála, který postupuje transparentně.